Il vasto deposito morenico che dà origine alle Piramidi di Zone è stato lasciato circa 150.000 anni fa da una lingua laterale, penetrata nella valle del Bagnadore, dell'imponente ghiacciaio proveniente dalla Valle Camonica che, durante la terza glaciazione, di Riss, riempiva il bacino ora occupato dal lago d'Iseo con uno spessore di oltre 600 metri. Il terreno morenico è costituito da materiale fine (argilla, limo e sabbia) e da materiale grossolano (massi e ciottoli).

L'azione erosiva della pioggia sul deposito morenico isola, a poco a poco, grossi massi di roccia (fino a 6 metri di diametro). Tali massi esercitano un'azione protettiva, ad ombrello, sul materiale sottostante fino a modellare una colonna di terra: la piramide, che può raggiungere i 30 metri di altezza, ed è inoltre riparata da una pellicola protettiva formata dell'argilla insolubile che viene trasportata dall'acqua lungo i fianchi della stessa.

Quando il masso sommitale cade, la piramide si disgrega rapidamente fino a trovare un altro cappello ad un livello inferiore.